软体动物是动物界中仅次于节肢动物的第二大门类，具有丰富的形态多样性和广泛的环境适应性。团队开展了多种贝类的全基因组测序工作，高质量完成了基因组图谱拼接和基因注释工作，首次将贝类基因组拼接到染色体水平；构建了扇贝时空转录组图谱和单细胞转录组图谱，并构建了国际首个软体动物综合基因组数据库。文章发表在Nature Ecology & Evolution, Nature Communications, Nucleic Acids Research等国际权威期刊。相关成果入选2017年度中国海洋与湖沼十大科技进展和2017年度中国十大海洋科技进展。

课题组近年来在扇贝“化石”基因组发现、躯体模式多样性起源、眼睛的遗传调控与进化及海洋幼虫进化起源解析等方面取得了一系列具有国际影响力的成果（Nature Ecology & Evolution 2017, 2020）。系列原创性发现将贝类在动物进化研究领域提升到一个新地位，为深入理解动物早期起源进化及生活史的进化提供了新的认知，也为理解寒武纪动物大爆发机制提供了崭新的研究视角。研究成果入选2017、2020年度中国海洋与湖沼十大科技进展及2017年度中国海洋科技十大进展。

长期以来海洋生物的分子生物学研究远远落后于陆生生物，基因组学的蓬勃发展为解析海洋生物的环境适应性、特殊性状的起源进化等提供重大契机。团队利用多组学多组学手段，系统解析了扇贝肌肉发育和贝毒代谢、深海贝类环境适应性、泥蚶血红性状、海参皂苷生物合成和夏眠调控等重要性状的组学调控基础，为理解动物演化和适应机制提供新的认知。成果发表在Nature Communications，Molecular Biology & Evolution，Cell Discovery等国际权威期刊，多篇文章获得专题评述或被选作期刊亮点文章。

模式生物在现代生命科学研究中具有不可替代的重要地位，以其为研究对象的重大科学发现层出不穷。本课题组致力于建立以侏儒蛤、非洲大蜗牛等为代表的贝类模式生物，搭建以基因编辑及转基因技术为核心的基因功能研究平台，并以此开展对动物起源与演化、重要生命过程等重大科学问题研究。

高通量测序技术的迅猛发展为开展非模式生物基因组学研究带来前所未有的发展契机。近年来团队研发了一系列适用于非模式生物的前沿组学新技术和新方法,包括2b-RAD(Nature Methods, 2012)、Multi-isoRAD (Nature Protocols ,2016）、MethylRAD (Open Biology,2015)、RadMap(Genetics, 2017)、HD-Marker(Genome Research, 2018)和2bRAD-M(Genome Biology,2022)等，为高效开展海洋生物基因组学研究提供核心技术手段，在全基因组精准分型、表观遗传变异检测、复杂基因组组装、微生物宏基因组分析等研究领域具有广阔的应用前景。